Développer des outils innovants de caractérisation et de détection des Botryosphaeriaceae

Cette famille de champignons est déjà connue pour son fort impact sur la production de fruits à coque à l’échelle mondiale. En France, pour répondre à l’inquiétude de la profession sur le devenir des vergers, il est important de mieux caractériser les espèces fongiques associées au dépérissement. 

Deux grandes actions de recherche seront développées dans le cadre du projet CARIBOU : 

- Identification et caractérisation des espèces de Botryosphaeriaceae dans les noyeraies françaises

Cela sera réalisé grâce à une campagne de prélèvements dans les deux principales zones de production de noix en France : le bassin de Grenoble et la zone Quercy-Périgord. Cette collecte aura pour but d’identifier les espèces et de les caractériser au niveau des organes atteints, de leur niveau de pathogénicité et de leurs éventuelles spécificités géographiques. Un accent particulier sera donné sur la symptomatologie, avec production de planches d’identification. 

- Développement d’outils de détection innovants 

Pour compléter la caractérisation de la diversité réalisée dans la première action, on utilise des outils culture-indépendants basés sur du metabarcoding afin de déterminer, de la manière la plus exhaustive possible, l’ensemble des espèces de Botryosphaeriaceae associées aux symptômes sur noyer. Dans un deuxième temps, des outils de détection de type PCR ou PCR multiplexe seront développés afin de réaliser un diagnostic rapide et spécifique. Des amorces visant à différencier les espèces les plus fréquemment rencontrées sur les noyers (selon les résultats obtenus par méthodes culture-dépendante et indépendante) seront mises au point. Les outils mis au point seront ensuite validés sur le terrain.

C’est un projet de recherche de 18 mois financé par le ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation. Il est porté et coordonné par le CTIFL en partenariat avec la Station Expérimentale de Creysse (46), la SENuRA (Station d'Expérimentation Nucicole Rhône-Alpes (38)) et le LUBEM-UBO (Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne de l'Université de Bretagne Occidentale). Le projet CARIBOU vise à mieux comprendre la répartition géographique des Botryosphaeriaceae dans les deux bassins de production français localisés dans le Sud-Est en région Rhône-Alpes et dans le Sud-Ouest en Aquitaine, Midi-Pyrénées et Limousin. Démarré en janvier 2021, le projet CARIBOU est clos depuis le 30 juin 2022. Durant les 18 mois du projet, l’ensemble des partenaires a travaillé sur l’identification et la caractérisation des espèces présentes sur 12 parcelles préalablement sélectionnées en 2020 dans les deux bassins de production ainsi que sur la mise au point d’outils de détection spécifiques par analyse moléculaire, fiables et validés sur le terrain, pour être transférables aux laboratoires spécialisés et équipés. Trois campagnes de prélèvements en vergers ont permis d’identifier la présence de deux espèces de Botryosphaeriaceae sur les deux bassins de production français de la noix, à savoir Botryosphaeria dothidea et Neofusicoccum parvum. La pathogénicité de ces espèces s’est confirmée lors d’essais conduits en serre puis en vergers. En plus des Botryosphaeriaceae, un cortège de champignons endophytes et pathogènes a été retrouvé sur les échantillons. L’identification des communautés fongiques a été rendue possible grâce au développement d’outils de détection innovants par des approches de biologie moléculaire basées sur des techniques de métabarcoding.