Projets
Résultats des projets menés par le CTIFL et ses équipes
Développement des analyses nécessaires à la mise en place de la certification des plants de Rubus
Description du projet
Des échanges avec les professionnels de la production de plants de
Rubus (framboises et mûres) en 2020 ont conduit à mettre en place un programme de certification des plants fruitiers du genre
Rubus. Ce programme de certification comporte des analyses en laboratoire afin de réaliser un diagnostic sanitaire, mais également une identification variétale par marqueurs moléculaires pour sécuriser la multiplication des plants. Selon la Directive d'exécution 2014/98/UE, modifiée par la Directive d'exécution 2020/177/UE, le contrôle sanitaire vise onze virus, un phytoplasme et une maladie apparentée aux viroses.
Dans cette liste d’organismes visés par un diagnostic, sept virus ont d’ores et déjà des méthodes d’analyse déjà maîtrisées au laboratoire de virologie et de biologie moléculaire (LVBM) du CTIFL. Il s’agit des virus ApMV (Apple Mosaic Virus), l’ArMV (Arabis Mosaic Virus), le CMV (Cucumber Mosaic Virus), le RBDV (Raspberry Bushy Dwarf Virus), le RpRSV (Raspberry Ringspot Virus), le SLRSV (Strawberry Latent Ringspot Virus) et le TBRV (Tomato Black Ring Virus). En revanche, pour quatre virus, le phytoplasme et la maladie apparentée aux viroses, un développement spécifique de méthodes d’analyse est nécessaire. Il s’agit des virus BRNV (Black Raspberry Necrosis Virus), le RLMV (Raspberry Leaf Mottle Virus), le RVCV (Raspberry Vein Chlorosis Virus), le RYNV (Rubus Yellow Net Virus) et le phytoplasme
Candidatus phytoplasma rubi, également nommé Rubus stunt. Pour ces cinq pathogènes, un diagnostic par des méthodes de biologie moléculaire doit être développé au laboratoire en s’appuyant sur les études déjà réalisées pour la détection de ces pathogènes. Il faudra pour développer ces méthodes :
- recenser les séquences génétiques de tous les isolats disponibles pour chaque virus ;
- croiser les informations entre les données génétiques et les méthodologies déjà développées ;
- tester les méthodologies sur des échantillons de statut malade afin de confirmer la faisabilité du diagnostic.
Concernant la maladie apparentée aux viroses, Raspberry yellow spot, seul un indexage biologique peut permettre de mettre en évidence une contamination par l’agent pathogène responsable de cette maladie. La faisabilité de cette détection est à réaliser en conditions contrôlées en serre sur des indicateurs déjà identifiés dans la littérature sur le sujet.
Le second volet des analyses à mettre en œuvre pour la certification des
Rubus concerne l’identification variétale par marqueurs moléculaires. Un développement a été nécessaire en s’appuyant sur la publication de Castillo et al. (2010). Sur la base de cette étude, dix marqueurs ont été sélectionnés pour analyser les variétés de
Rubus potentiellement soumises au programme de certification.
Résultats
Les actions menées en 2022 sur le diagnostic des agents pathogènes touchant les plants de
Rubus dans le cadre du programme de certification à mettre en œuvre ont été de :
- recenser les séquences génétiques de tous les isolats disponibles pour chaque virus et le phytoplasme Rubus stunt ;
- étudier les données méthodologiques déjà présentes dans la bibliographie ;
- réaliser les analyses de diagnostic sur des échantillons de statut connu pour trois des pathogènes sur les cinq qui nécessitaient un développement, à savoir le virus RVCV, le virus RYNV et le phytoplasme Rubus stunt. Il reste donc à valider la méthodologie pour les deux pathogènes restants : le virus BRNV et le virus RLMV.
Concernant les analyses d’identification variétale, elles ont été réalisées avec les dix marqueurs sélectionnés sur six variétés de framboisiers et deux variétés de mûriers. Les résultats avec ces dix marqueurs permettent de discriminer le panel variétal pressenti pour le programme de certification. Un travail sur le multiplexage de ces dix marqueurs est en cours afin d’optimiser le process analytique.
La fin du développement des analyses prévues dans le programme de certification des plants de
Rubus est prévue au premier semestre 2023.
