Étude et recherche sur les organismes virus, viroïdes, phytoplasmes des arbres fruitiers

Le projet a pour objectif d'étudier les problématiques liées aux maladies de type viral (provoquées par des organismes de type virus, viroïde, phytoplasme) en arboriculture et caractériser leur impact potentiel.​

Les évolutions réglementaires récentes (certification, réglementation UE et nationale en santé des végétaux), scientifiques (identification et caractérisation de nombreux nouveaux virus, notamment par les nouvelles techniques de séquençage "HTS") et la présence récurrente de désordres de type viral sur le territoire nécessitent de renforcer les actions de recherche sur ces organismes.​

Depuis 2010, de nombreux nouveaux virus sont régulièrement mis en évidence par les techniques de séquençage "haut débit" HTS (High throughput sequencing) (Maliogka et al. , 2018 ; Villamor et al., 2019). Ces nouveaux pathogènes sont identifiés soit en association avec des maladies ou désordres de type viral précédemment décrits dans la bibliographie (parfois depuis plusieurs décennies) mais pour lesquels aucun agent pathogène n'avait pu être caractérisé (ex : maladie de l'Apple rubbery wood sur pommier et les virus ARWv1 et 2 ; Rott et al. , 2018), soit à partir de matériel symptomatique ou non (ex : luteovirus sur pêche-nectarine ou pommier). Pour la plupart de ces nouveaux agents pathogènes identifiés, aucune information n'est disponible concernant la symptomatologie et l'impact potentiel en arboriculture. Ce manque d'information est notamment régulièrement soulevé par les équipes de recherche dans la bibliographie (Massart et al., 2017 ; Fox, 2020 ; Hou et al., 2020 ; Fontdevila Pareta et al., 2023 ; Tzanetakis et al., 2024).  

Les travaux de recherche-expérimentation mis en œuvre sur les virus, viroïdes et phytoplasmes visent ainsi à améliorer les connaissances de la biologie, la symptomatologie, l'impact sur les cultures, les outils et méthodes de détection. L'objectif est d'apporter des informations permettant d'adapter la surveillance et le mode de gestion à chaque pathogène.

Dans ce contexte, différentes actions sont identifiées :

- Collecter des informations de terrain auprès des filières professionnelles et acteurs techniques sur les organismes de type viral présents, suspectés ou réémergents sur le territoire.

- Caractériser des symptômes associés aux nouveaux virus identifiés par HTS : sont-ils pathogènes ? Si oui, quelle est la sévérité des symptômes observés ? Quelle est l'impact potentiel sur le matériel fruitier ? Sont-ils présents sur le territoire ? Pour la plupart de ces nouveaux agents pathogènes identifiés, aucune information de symptomatologie n'est disponible.

- Étudier la symptomatologie associée à des maladies connues sur la gamme de plantes sensibles connus (indicateurs biologiques) et la gamme variétale récente multipliée et implantée sur le territoire. Le but est de pouvoir identifier en amont les sensibilités des différentes espèces à certains pathogènes afin d'anticiper des problématiques qui pourraient apparaître en verger, notamment en lien avec les évolutions climatiques.

- Maintenir et multiplier les isolats des maladies de type viral conservés par le CTIFL. Plus de 200 isolats de maladies de type viral caractérisées ou non sont conservés et maintenus sur arbres et permettent d'alimenter les programmes de recherche, les tests de laboratoire pour le CTIFL et d'autres organismes de recherche en France et à l'étranger.

- L'élaboration du programme de recherche pour plusieurs années en incluant la caractérisation biologique de virus récemment identifiés par séquençage haut débit (HTS) sur pommier, poirier et Prunus avec des équipes de recherche franco-européennes.