Étude et recherche sur les organismes virus, viroïdes, phytoplasmes des arbres fruitiers

Le projet a pour objectif d'étudier les problématiques liées aux maladies de type viral (provoquées par des organismes de type virus, viroïde, phytoplasme) en arboriculture et caractériser leur impact potentiel.​

Les évolutions réglementaires récentes (certification, réglementation UE et nationale en santé des végétaux), scientifiques (identification et caractérisation de nombreux nouveaux virus, notamment par les nouvelles techniques de séquençage "HTS") et la présence récurrente de désordres de type viral sur le territoire nécessitent de renforcer les actions de recherche sur ces organismes.​

Depuis 2010, de nombreux nouveaux virus sont régulièrement mis en évidence par les techniques de séquençage "haut débit" HTS (High throughput sequencing) (Maliogka et al. , 2018 ; Villamor et al., 2019). Ces nouveaux pathogènes sont identifiés soit en association avec des maladies ou désordres de type viral précédemment décrits dans la bibliographie (parfois depuis plusieurs décennies) mais pour lesquels aucun agent pathogène n'avait pu être caractérisé (ex : maladie de l'Apple rubbery wood sur pommier et les virus ARWv1 et 2 ; Rott et al. , 2018), soit ce sont des nouveaux virus identifiés suite aux séquençages HTS réalisés sur du matériel symptomatique ou non (ex : luteovirus sur pêche-nectarine ou pommier). Pour la plupart de ces nouveaux agents pathogènes identifiés, aucune information de symptomatologie n'est disponible. Ce manque de lien entre les nouveaux virus identifiés et la symptomatologie est notamment régulièrement soulevé par les équipes de recherche dans la bibliographie (Massart et al., 2017 ; Fox, 2020 ; Hou et al., 2020 ; Fontdevila Pareta et al., 2023).  

Les travaux de recherche-expérimentation mis en œuvre sur les virus, viroïdes et phytoplasmes visent ainsi à améliorer les connaissances de la biologie, la symptomatologie, l'impact sur les cultures, les outils et méthodes de détection.

Dans ce contexte, différentes actions sont identifiées :

- Collecter des informations de terrain auprès des filières professionnelles et acteurs techniques sur les organismes de type viral présents, suspectés ou réémergents sur le territoire.

- Caractériser des symptômes associés aux nouveaux virus identifiés par HTS : sont-ils pathogènes ? Si oui, quelle est la sévérité des symptômes observés ? Quelle est l'impact potentiel sur le matériel fruitier ? Sont-ils présents sur le territoire ? Pour la plupart de ces nouveaux agents pathogènes identifiés, aucune information de symptomatologie n'est disponible.

- Étudier la symptomatologie associée à des maladies connues sur la gamme variétale récente multipliée et implantée sur le territoire. Quel est le niveau de sensibilité des cultivars récemment multipliés vis-à-vis des maladies listées, réglementées ou non réglementées ? Le but est de pouvoir identifier en amont les sensibilités des différentes espèces à certains pathogènes afin d'anticiper des problématiques qui pourraient apparaître en verger, notamment en lien avec les évolutions climatiques.

- Maintenir et multiplier les isolats des maladies de type viral conservés par le CTIFL. Plus de 200 isolats de maladies de type viral caractérisées ou non sont conservés et maintenus sur arbres et permettent d'alimenter les programmes de recherche, les tests de laboratoire pour le CTIFL et d'autres organismes de recherches en France et à l'étranger.

Les travaux de 2023 sur ce programme ont permis :

- La sécurisation et le renouvellement d'une partie des isolats de virus du conservatoire du CTIFL.

- Le suivi d'expérimentations et observations sur différents virus. Ces essais sont étendus sur plusieurs années d'observations et analyses et concernent l'étude des symptômes sur une gamme d'indicateurs biologiques en serre et pépinière : travaux sur la maladie de la mosaïque du châtaignier (ChMV), sur l'Apple rubbery wood disease et les virus nouvellement associés ARWv-1 et ARWv-2 ainsi que sur le PBNSPaV (Plum bark necrosis stem pitting-associated virus) notamment.

- L'acquisition de connaissances sur la transmission par greffage en serre des virus du genre Luteovirus sur pêche-nectarine   : Nectarine stem pitting-associated virus, Peach-associated luteovirus, Peach-associated luteovirus 2 (NSPaV, PaLV, PaLV2) et pour le virus Alpine wild prunus virus (AWPV) en collaboration avec INRAE. Les travaux menés sur les luteovirus en serre suite aux greffages et indexages réalisés en 2021 avec l'équipe virologie de INRAE Bordeaux ont permis de démontrer leur transmission sur pêcher par le greffage, avec une efficacité de transmission moins bonne que d'autres virus communs des Prunus (exemple l'Apple chlorotic leafspot virus - ACLSV). De plus, l'efficacité de transmission est variable entre les trois luteovirus étudiés NSPaV, PaLV et PaLV2. Cette efficacité de transmission est également liée à la qualité et à l'état du matériel utilisé pour le greffage. En dehors de la confirmation de l'infection par tests PCR, aucun symptôme n'a été observé sur les plants de pêcher GF305 inoculés par ces différents virus en infection simple ou multiple en serre. Ces résultats ont complété le travail important de séquençage et caractérisation réalisé par INRAE Bordeaux pour ces virus.

- La mise en place d'essais sur nouvelles plantes indicatrices des Prunus pour la caractérisation de symptômes associés aux nouveaux virus identifiés par HTS.

- Concernant le pommier, nous avons travaillé sur plusieurs nouveaux virus identifiés sur cette espèce en lien notamment avec des remontées du terrain. En effet, des cas de symptômes atypiques sur pommier ont été signalés dans différents bassins de production (symptômes sur feuilles, sur la croissance, dépérissements ou sur fruits). Plusieurs échantillons ont pu être collectés pour analyses et observations. Les virus et viroïdes recherchés sont nombreux, allant de ceux recherchés classiquement en certification à des nouveaux virus et viroïdes récemment identifiés comme ARWv1, ARWv2, CCGaV (Citrus concage gum-associated virus), ALV-1 (Apple luteovirus 1) et AHVd (Apple hammerhead viroid). Le CCGaV est un virus très récemment identifié (2018) par technique de séquençage HTS, sur Malus en Europe (Italie, Hongrie, Rép. Tchèque, Grèce,…), USA, Chine, Brésil, Canada… Il a notamment été détecté dans des cas de dépérissements importants du pommier observés en vergers aux USA et au Brésil (Apple Rapid Decline), mais l'association du virus avec les symptômes n'est pas établie. Le viroïde AHVd à également été récemment caractérisé, notamment suite à des analyses sur des pommiers dépérissants, sans toutefois que l'association n'ait été confirmée. Ces pathogènes sont transmis par greffage (variétés et PG).

- L'élaboration du programme de recherche pour plusieurs années en incluant la caractérisation biologique de virus récemment identifiés par séquençage haut débit (HTS) sur pommier, poirier et prunus avec des équipes de recherche franco-européennes.

Les expérimentations se poursuivent en 2024.